大腸内には多数の腸内細菌が常在しており、消化管内容物中の食物繊維の発酵・分解を行う。大腸内壁の粘膜上皮細胞は、腸内細菌による分解産物を利用して活動していることから、大腸の正常な機能発現には、腸内細菌と食物繊維の存在が必要であるといえる。なお、“屁”のもとなるメタンガス、炭酸ガス、臭気物質は、腸内細菌の分解産物である。また、糞便の構成成分の10～15%は腸内細菌の死骸である。
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